Khánh Vĩnh là huyện mới của tỉnh Khánh Hòa được tách ra từ huyện Diên Khánh cũ theo quyết định số 189 HĐBT ngày 27 tháng 6 năm 1985 của Hội đồng Bộ trưởng. Trong chiến tranh Việt Nam, Khánh Vĩnh là căn cứ địa cách mạng của Khánh Hòa với các địa danh quan trọng như sân bay dã chiến Hòn Xã, Hòn Nhạn, Soi Mít, Hòn Dù, buôn Gia Lê, Hòn Bà và căn cứ lịch sử Hòn Dữ.

Huyện Khánh Vĩnh khi mới tách ra gồm có 7 xã: Khánh Bình, Khánh Lê, Khánh Minh, Khánh Phú, Khánh Thành, Khánh Thượng, Khánh Vinh.

Ngày 13-9-1985, chia xã Khánh Lê thành 4 xã lấy tên là xã Sơn Thái, xã Giang Ly, xã Liên Sang và xã Cầu Bà; chia xã Khánh Minh thành 2 xã lấy tên là xã Khánh Nam và xã Khánh Trung; chia xã Khánh Bình thành 3 xã lấy tên là xã Khánh Bình, xã Khánh Hiệp và xã Khánh Đông.

Ngày 27-6-1989, chuyển xã Khánh Vinh thành thị trấn Khánh Vĩnh - thị trấn huyện lị huyện Khánh Vĩnh.

Ngày 9-12-1998, chia xã Khánh Phú thành 2 xã: Khánh Phú và Sông Cầu.